Index

_

__init__() (viperleed.calc.classes.atom.Atom method) (viperleed.calc.classes.atom_containers.AtomContainer method) (viperleed.calc.classes.atom_containers.AtomList method) (viperleed.calc.classes.beam.Beam method) (viperleed.calc.classes.layer.Layer method) (viperleed.calc.classes.r_error.R_Error method) (viperleed.calc.classes.rparams.domain_params.DomainParameters method) (viperleed.calc.classes.rparams.rparams.Rparams method) (viperleed.calc.classes.searchpar.SearchPar method) (viperleed.calc.classes.sitetype.Atom_type method) (viperleed.calc.classes.sitetype.Sitetype method) (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab method) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab method) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab method) (viperleed.calc.classes.sym_entity.SymPlane method)

A

API ASE atlist (viperleed.calc.classes.layer.Layer attribute) (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute)

Atom (class in viperleed.calc.classes.atom) Atom_type (class in viperleed.calc.classes.sitetype) AtomContainer (class in viperleed.calc.classes.atom_containers) AtomList (class in viperleed.calc.classes.atom_containers)

B

BaseSlab (class in viperleed.calc.classes.slab.base_slab) Beam (class in viperleed.calc.classes.beam) BLAS

bulk_glides (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) bulk_screws (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) BulkSlab (class in viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab) bulkslab (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute)

C

C calc cartbotz (viperleed.calc.classes.layer.Layer attribute) cartori (viperleed.calc.classes.layer.Layer attribute) cartpos (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute) CC BY 4.0 celltype (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute)

chemelem (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute) CLI complex_amplitude (viperleed.calc.classes.beam.Beam attribute) conda constraints (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute) CSV current_deltas (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute) cut_cell_c_fraction (viperleed.calc.from_ase.SlabTransform attribute)

D

deltas_initialized (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute) DFT disp_center_index (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute) disp_geo_offset (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute)

dispInitialized (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute) displist (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute) displists (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute) DomainParameters (class in viperleed.calc.classes.rparams.domain_params) duplicate_of (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute)

E

el (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute) elements (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute)

Environment variable environment variable Path, [1], [2], [3], [4], [5] VIPERLEED_TENSORLEED, [1], [2], [3], [4], [5], [6], [7]

F

fcc Fortran foundplanegroup (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute)

freedir (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute)

G

gcc gfortran

GPLv3 GUI

H

hk (viperleed.calc.classes.beam.Beam attribute)

hkfrac (viperleed.calc.classes.beam.Beam attribute) HPC

I

ifort ImageJ intens (viperleed.calc.classes.beam.Beam attribute) interpret() (in module viperleed.calc.files.parameters)

InvalidChecksumError InvalidChecksumFileError InvalidUnitCellError is_bulk (viperleed.calc.classes.layer.Layer attribute)

J

Jupyter

L

label (viperleed.calc.classes.beam.Beam attribute) LAPACK Layer (class in viperleed.calc.classes.layer) layer (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute) layers (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute)

LEED LEED-IV linklist (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute) linklists (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute)

M

module viperleed.calc.bookkeeper viperleed.calc.bookkeeper.bookkeeper viperleed.calc.bookkeeper.cli viperleed.calc.bookkeeper.constants viperleed.calc.bookkeeper.domain_finder viperleed.calc.bookkeeper.errors viperleed.calc.bookkeeper.exit_code viperleed.calc.bookkeeper.history viperleed.calc.bookkeeper.history.constants viperleed.calc.bookkeeper.history.entry viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.entry viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.enums viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.field viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.field_collection viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.list_of_int_field viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.notes_field viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.rfactor_field viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.string_field viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.time_field viperleed.calc.bookkeeper.history.errors viperleed.calc.bookkeeper.history.explorer viperleed.calc.bookkeeper.history.folder viperleed.calc.bookkeeper.history.info viperleed.calc.bookkeeper.history.meta viperleed.calc.bookkeeper.history.workhistory viperleed.calc.bookkeeper.log viperleed.calc.bookkeeper.mode viperleed.calc.bookkeeper.root_explorer viperleed.calc.bookkeeper.utils viperleed.calc.files.beams viperleed.calc.files.displacements viperleed.calc.files.experiment_symmetry viperleed.calc.files.iodeltas viperleed.calc.files.ioerrorcalc viperleed.calc.files.iofdopt viperleed.calc.files.iorfactor viperleed.calc.files.iosearch viperleed.calc.files.iosuperpos viperleed.calc.files.ivplot viperleed.calc.files.parameters viperleed.calc.files.parameters.checker viperleed.calc.files.parameters.errors viperleed.calc.files.parameters.known_parameters viperleed.calc.files.parameters.reader viperleed.calc.files.parameters.utils viperleed.calc.files.parameters.write viperleed.calc.files.poscar viperleed.calc.files.searchpdf viperleed.calc.files.vibrocc viperleed.calc.from_ase viperleed.calc.lib.base viperleed.calc.lib.checksums viperleed.calc.lib.leedbase viperleed.calc.lib.periodic_table viperleed.calc.lib.woods_notation viperleed.calc.sections.cleanup viperleed.calc.sections.deltas viperleed.calc.sections.errorcalc viperleed.calc.sections.fd_optimization viperleed.calc.sections.initialization viperleed.calc.sections.refcalc viperleed.calc.sections.rfactor viperleed.calc.sections.run_sections viperleed.calc.sections.search viperleed.calc.sections.superpos viperleed.calc.symmetry

MPI mpifort mpiifort

N

n_per_elem (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute)

num (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute) (viperleed.calc.classes.layer.Layer attribute)

O

oriState (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute) orisymplane (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute)

orthogonal_matrix (viperleed.calc.from_ase.SlabTransform attribute)

P

Path, [1], [2], [3], [4], [5] planegroup (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute) plot_iv_from_csv() (in module viperleed.calc.from_ase) pos (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute)

poscar_scaling (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute) POSCARError preprocessed (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute) PyPI Python

R

R_Error (class in viperleed.calc.classes.r_error) read() (in module viperleed.calc.files.parameters) rfactor_from_csv() (in module viperleed.calc.from_ase) rot_mat_axis() (in module viperleed.calc.from_ase)

rot_mat_x() (in module viperleed.calc.from_ase) rot_mat_z() (in module viperleed.calc.from_ase) Rparams (class in viperleed.calc.classes.rparams.rparams) run_from_ase() (in module viperleed.calc.from_ase)

S

SearchIOEmptyFileError SearchIORaceConditionError SearchPar (class in viperleed.calc.classes.searchpar) site (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute) sitelist (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute) Sitetype (class in viperleed.calc.classes.sitetype) slab (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute) (viperleed.calc.classes.layer.Layer attribute)

SlabError SlabTransform (class in viperleed.calc.from_ase) strict (viperleed.calc.classes.atom_containers.AtomList attribute) sublayers (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute) SurfaceSlab (class in viperleed.calc.classes.slab.surface_slab) symbaseslab (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute) SymPlane (class in viperleed.calc.classes.sym_entity) symrefm (viperleed.calc.classes.atom.Atom attribute)

T

TensErLEED topat_ori_z (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute)

U

uc_scaling (viperleed.calc.from_ase.SlabTransform attribute) ucell (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute)

ucell_mod (viperleed.calc.classes.slab.base_slab.BaseSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.bulk_slab.BulkSlab attribute) (viperleed.calc.classes.slab.surface_slab.SurfaceSlab attribute) UHV

V

VASP VESTA ViPErLEED viperleed.calc.bookkeeper module viperleed.calc.bookkeeper.bookkeeper module viperleed.calc.bookkeeper.cli module viperleed.calc.bookkeeper.constants module viperleed.calc.bookkeeper.domain_finder module viperleed.calc.bookkeeper.errors module viperleed.calc.bookkeeper.exit_code module viperleed.calc.bookkeeper.history module viperleed.calc.bookkeeper.history.constants module viperleed.calc.bookkeeper.history.entry module viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.entry module viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.enums module viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.field module viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.field_collection module viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.list_of_int_field module viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.notes_field module viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.rfactor_field module viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.string_field module viperleed.calc.bookkeeper.history.entry.time_field module viperleed.calc.bookkeeper.history.errors module viperleed.calc.bookkeeper.history.explorer module viperleed.calc.bookkeeper.history.folder module viperleed.calc.bookkeeper.history.info module viperleed.calc.bookkeeper.history.meta module viperleed.calc.bookkeeper.history.workhistory module viperleed.calc.bookkeeper.log module viperleed.calc.bookkeeper.mode module viperleed.calc.bookkeeper.root_explorer module viperleed.calc.bookkeeper.utils module viperleed.calc.files.beams module viperleed.calc.files.displacements module viperleed.calc.files.experiment_symmetry module viperleed.calc.files.iodeltas module

viperleed.calc.files.ioerrorcalc module viperleed.calc.files.iofdopt module viperleed.calc.files.iorfactor module viperleed.calc.files.iosearch module viperleed.calc.files.iosuperpos module viperleed.calc.files.ivplot module viperleed.calc.files.parameters module viperleed.calc.files.parameters.checker module viperleed.calc.files.parameters.errors module viperleed.calc.files.parameters.known_parameters module viperleed.calc.files.parameters.reader module viperleed.calc.files.parameters.utils module viperleed.calc.files.parameters.write module viperleed.calc.files.poscar module viperleed.calc.files.searchpdf module viperleed.calc.files.vibrocc module viperleed.calc.from_ase module viperleed.calc.lib.base module viperleed.calc.lib.checksums module viperleed.calc.lib.leedbase module viperleed.calc.lib.periodic_table module viperleed.calc.lib.woods_notation module viperleed.calc.sections.cleanup module viperleed.calc.sections.deltas module viperleed.calc.sections.errorcalc module viperleed.calc.sections.fd_optimization module viperleed.calc.sections.initialization module viperleed.calc.sections.refcalc module viperleed.calc.sections.rfactor module viperleed.calc.sections.run_sections module viperleed.calc.sections.search module viperleed.calc.sections.superpos module viperleed.calc.symmetry module VIPERLEED_TENSORLEED, [1], [2], [3], [4], [5], [6], [7]

W

WSL

X

XRD